Za minulého režimu byl za svoje postoje perzekvován a neušel ani komunistickému kriminálu.

Otec Josefa Mikoláše Jakub měl malý obchod, kde pracoval sám. Poprvé byl uvězněn v únoru 1948 v Domažlicích. Krátce nato byl ale propuštěn. Další pokračování přišlo v listopadu 1948, kdy byl spolu se svým otcem a kamarádem Pavlíkem zatčen i Josef Mikoláš pro napomáhání k ilegálnímu přechodu hranic.

Tím byl jeho osud zpečetěn. Nastoupil jako nespolehlivý s klasifikací E a jako těžký pétépák do Karviné do dolu Mír. Po několika měsících těžké práce onemocněl zápalem plic a po svém vyléčení byl přeřazen na povrch, kde pracoval na stavbě finských domků.

Ani rodina Josefa Mikoláše to neměla lehké.
Protože byli s otcem oba vedeni jako političtí kriminálníci, byla jejich rodina stále na indexu. Rodinný obchod byl zlikvidován. Sestra byla přeřazena do výroby, otec po propuštění z vazby pracoval jako lesní dělník. O studiích si Josef Mikoláš mohl nechat jen zdát.

Pouze jeho syn se přes všechno díky svému výbornému prospěchu dostal na studia. Přesto byl po ukončení lékařské fakulty v roce 1986 po dodatečném zjištění kádrové minulosti svého otce přeřazen na rok k železničnímu vojsku.